В годы Великой Отечественной войны архивы сыграли важную роль в сохранении и передаче исторической памяти о событиях и людях того времени. 

Они стали своеобразным хранилищем документальных свидетельств, отражающих подвиги и трагедии советского народа. Архивные учреждения собирали и сохраняли разнообразные материалы, связанные с военными действиями: приказы, отчёты, письма, фотографии и другие документы. Эти материалы легли в основу многочисленных исторических исследований, мемуаров и официальных публикаций о войне.

Как и многие архивы, оказавшиеся вблизи линии фронта, Дагестанский архив был вынужден перестроить свою работу в соответствии с условиями военного времени. Обстановка диктовала необходимость принятия экстренных мер по обеспечению сохранности архивных фондов. Работа Архивной службы ДАССР была переориентирована на задачи мобилизационного характера.

15 декабря 1941 года Управление государственных архивов НКВД СССР направило циркуляр начальнику отделения государственных архивов НКВД ДАССР Голубеву Г.А.

В документе подчёркивалось, что в условиях военного времени необходимо принять меры по эвакуации документальных материалов, хранящихся в государственных архивах республики, в целях обеспечения их безопасности.

Подлежали эвакуации документы, содержащие сведения оборонного и военно-стратегического характера, которые могли быть использованы врагом против Советского государства. Однако полная эвакуация всех ценных фондов оказалась невозможной. В связи с этим Центр предложил рассредоточить и засекретить часть материалов, поместив их в подвалы разрушенных старинных зданий в металлических или просмолённых деревянных контейнерах.

На все рассредоточенные и засекреченные материалы следовало составить подробные топографические карты и списки фондов с указанием крайних дат и количества единиц хранения размещенных материалов. Эти данные предназначались для последующей отправки в Казахскую ССР, в город Алма-Ату. При возможной оккупации отдельных районов врагом, указывалось: все не эвакуированные архивные материалы необходимо привести в беспорядок, чтобы они не попали в руки противника в пригодном виде.

Одной из серьёзных проблем стало сокращение кадров: значительная часть опытных архивистов была призвана в ряды Красной армии. Это привело к снижению профессионального уровня и частой смене сотрудников. Тем не менее, главной задачей архивистов республики стало обеспечение сохранности документов. Необходимо было оперативно выявить, отобрать, упаковать и эвакуировать наиболее ценные материалы.

В августе 1942 года, в связи с приближением линии фронта к территории Дагестана, секретные архивные фонды, в основном дореволюционного периода, были эвакуированы в Ташкент, а затем в город Коканд Узбекской ССР. Документы, обладающие научной, исторической и практической ценностью, но не подлежавшие эвакуации, были засекречены и спрятаны на территории двора Махачкалинской тюрьмы. Подготовка к засекречиванию проводилась в ночное время в условиях отсутствия отопления, канцелярских принадлежностей и освещения, что существенно осложняло работу.

Несмотря на сложнейшие условия, основные направления деятельности архива в военные годы включали:

• выявление, приём и систематизация документальных материалов;
• обеспечение их сохранности;
• использование архивных данных в интересах оборонных, народно-хозяйственных, оперативных и научных нужд.

Архивисты внесли значительный вклад в общее дело Победы, выполняя свою важную миссию по сохранению документального наследия в условиях войны.